Isomalto-Oligosaccharide sind ein normaler Bestandteil der menschlichen Ernährung. Sie kommen natürlich in fermentierten Lebensmitteln wie Sauerteigbrot und Kimchi vor. Das Disaccharid Isomaltose ist auch in Reis, Miso, Sojasauce und Sake enthalten.
Um IMO in kommerziellem Maßstab herzustellen, verwendet die Lebensmittelindustrie Stärke, die aus Getreidepflanzen wie Weizen, Gerste, Hülsenfrüchten (Erbsen, Bohnen, Linsen), Hafer, Tapioka, Reis, Kartoffeln und anderen gewonnen wird. Diese Vielfalt an Quellen könnte Verbrauchern zugute kommen, die Allergien oder Überempfindlichkeiten gegen bestimmte Getreidearten haben.